Koca Sinan Paşa Camii; İstanbul Boğazı’nın Anadolu yakasında Üsküdar Doğancılar ile Salacak iskelesi arasındaki alanda inşa edilmiştir. Üsküdar Kaymakamlığı binasının arkasındaki semttedir. Halk Dershanesi Sokağı ile Topraklı Sokağın birleştiği yapı adasında 1590’ tarihlerinde inşa edilmiştir. Cami, hamam, çeşme ve bütün bir mahalle, Yemen Fatihi Sinan Paşa tarafından kendi parası ile yapılmıştır. Mahalle ve yapılar ile ilgili kitabeler yoktur. Camiye ait vakfiyeler tarihlerinin 1582-1593 yılları arasında olduğunu kaydetmiştir. Bu durumda cami ve mahalle bu tarihler arasında yapılmış demektir. Gerek camii ve gerekse çeşmenin kitabesi maalesef bize kadar gelmemiştir. Konyalı'nın Üsküdar Tarihi adlı eserinde görülen kitabe, Sinan Paşa'nın Kasımpaşa, Kulaksız semtindeki diğer camiine aittir. Meşhur şadırvan da orada idi. Sinan Paşa'nın diğer eserlerinde olduğu gibi, bu cami de Mimar Davut Ağa tarafından yapılmıştır.
Mevcut Cami dörtgen bir formda yapılmış fevkani bir yapıdır. Son Cemaat yeri sonradan kapatılmıştır. Mevcut yapı daha sonraki dönemlerde yenilenmiştir. Koca Sinan Paşa, Nisan 1596 tarihinde öldü ve Divanyolu'nda, Çarşıkapı'da inşa ettirmiş olduğu türbeye defin olundu. Türbenin yanında Davut Ağa'nın eseri olan medresesi ve 1593 tarihli zarif bir sebili vardır. Sinan Paşa, bunlardan başka; Kasımpaşa'da ve Üsküdar'da kendi ismiyle anılan mahalle, Dimyat'da, Yemen'de, Selanik'te birer cami, Karaman'da bir hamam yaptırdığı gibi başta Malkara olmak üzere, Flibe, Bursa, Mihaliç, Birecik, Halep, Şam, Trablus ve Van'da birçok vakıf eseri tesis etmiştir. Ayrıca Üsküp civarında Kacanik'te bir cami, bir medrese yaptırmış ve bunlara bir hamam, iki han ve bazılarıyla Priştine'de bir hamam vakfetmiştir. Bunların dışında İstanbul'daki Tophane'yi kendi parası ile tamir ettirmiş ve halkın ricası üzerine 30.000 kuruş sarf ile Uzuncaova'dan Flibe'ye giden derbentte iki han, bir cami, imaret, iki hamam ve dükkânlar inşa ettirmiş ve burasını şenlendirmek için Anadolu'daki Yabanova'sından 150 haneyi nakil ve iskan ettirmiştir. Sarayburnu'nda, sahilde, Mimarbaşı Davut Ağa'ya yaptırdığı ve İznik çinileri ve altın nakışlarla bezenmiş, kendi adı ile anılan ve aynı zamanda kubbesinin iç kısmında asılı bir salkım inciden dolayı da İncili Köşk diye meşhur olan muhteşem köşkü Sultan III. Murat'a hediye etmiştir. Bu köşkün harabesi hala yol kenarında durmaktadır. 1595 harbinin devlet hazinesine fazla yük olmaması için, yüksek devlet ricalinin birer kadırga donatmalarını isterken de, kendi parası ile bir amiral gemisi donatmak suretiyle buna önayak olmuştu. Sinan Paşa'nın serveti o kadar çoktu ki, halk arasında ilmi simya bildiğine ve bu yoldan zengin olduğuna inanılmış idi. Vefatında, 600.000 duka altından başka, 20 sandık zebercet, 61 ölçek inci, 600 samur kürk ve milyonlarca akçe tutan diğer kıymetli eşya bırakmış idi.