Ağa Mescidi veya Yakup Ağa Mescidi diye de bilinen Ali Paşa Mescidi, İstanbul Suriçi Beyazıt İstanbul Üniversitesi merkez binası avlusunun güney doğu kapısının karşısında, Mercan Caddesi ile Fuat Paşa Caddesi'nin kesiştiği köşededir. Banisi, eski saray Ağası Yakup Ağa'dır. Kabri, Eyüp Otakçılar'da hamam civarındaki Ak Türbe karşısında, kendi hayrı olan mektebin avlusundadır Mezar taşındaki vefat tarihi 1547 görülmektedir.. Bu itibarla mescit, bundan önceki bir tarihte yapılmış olmalıdır. Birinci Dünya Savaşı yıllarında Harbiye Nezareti olan şimdiki İstanbul Üniversitesi Merkez binası, daha önce Serasker kapısı, çevresindeki geniş avlu da askerin tören ve talim alanıydı. Vaka-i Hayriye'den önce ise burada "Eski saray" diye anılan büyük ve tarihi bir saray bulunmaktaydı. Eski saray'da ölenlerin cenaze namazları bu Ağa Mescidinde kılınırdı. Cenaze hizmetleri de mescidin imamlarına tahsis edilmişti.
Ağa Mescidi, daha sonra bir yangında harap olmuş ve şimdi dış giriş kapısının sağında bulunan kitabesinde de belirtildiği üzere Sadrazam Ali Paşa tarafından 1869 tarihinde inşa edilmiştir. Sultan Abdülaziz döneminde yapılan camiler üslubunda fevkani kagir, sekiz köşeli ve tek kubbeli olarak yeniden inşa edilmiştir. Minberini Sultan III. Murat'ın annesi Nurbanu Valide Sultan koydurmuştur. Altında sebili de bulunan camiin mimarı İtalyan Bariori'dir. O zamanlar hizmetine karşılık olarak Ali Paşa'ya devlet hazinesinden Fuat Paşa Caddesi üzerinde muhteşem bir saray yaptırılmıştı. Paşa'ya içinde oturması nasip olmayan bu saray bir ara Mercan İdadisi, sonra Erkan-ı Harbiye-i Umumiye dairesi olmuş ve Mercan yangınında yanmıştır. Enkazı 1946 yılında kaldırılan harabesi, halk arasında "Yanık Saray" diye anıla gelmiştir. Ali Paşa Camii de, büyük Mercan yangınında tekrar yanmış ve 37 yıl harap kaldıktan sonra 1949 yılında başlayan restore çalışmaları 1953 yılında tamamlanarak ibadete açılmıştır. Yapının mimari üslubu Barok’tur. Melez bir mimarinin ürünü olan yapıda, sanat değeri olarak tek parça Yesari-zade Mustafa İzzet Efendi'nin kaleminden çıkmış olan kitabesidir. Tek şerefeli bir minaresi vardır. Camiin alt katında, eskiden sebil olan yerde şimdi dört adet dükkan bulunmakta ve bunların kirası Vakıflar tarafından alınmaktadır.
