Mehmet Ağa Türbesi; İstanbul Suriçi Fatih Atikali Mahallesi Manyasizade Caddesi, Mehmet Ağa Camii Sokakta 1585 tarihlerinde Mimar Davut Ağa’ya yaptırılmıştır. Külliye bölgesinde büyük bir arazide kuruludur. Bir diğer taraftan ise Saray Ağa Caddesi Hamam Sokak 19 adresindedir. Külliyenin 1585 yılında Mimar Davut Ağa tarafından yapıldığı doğu kapısı üzerindeki kitabede yazılıdır. Külliye Camii, çeşme, tekke, medrese, türbe ve hamamdan meydana gelir. Mehmet Ağa Osmanlı tarihinde görev yapmış ilk Habeş asıllı haremağasıdır. Bu külliye dışında Üsküdar’da iki mescit ve Divanyolu’nda medrese, mektep ve sebil inşa ettirmiştir.
Camii kare planlı olarak yapılmıştır. Sahnın üzeri 11 metre çaplı bir kubbe ile örtülüdür. Kubbe sekiz ayakla taşınmaktadır. Taşıyıcı sekiz kemer duvar payeleri üzerine oturmaktadır. Kubbe kasnağı sekiz adet ağırlık kulesi tarafından çevrelenmiştir. Mermer mihrap, dışarıya taşkın olup, yarım Kubbe İle örtülüdür. Mihrabın iki yanında iki sütun, mukarnaslarla bir üçgen ile sonlanmıştır. Mihrabın etrafı çini ile kaplanmıştır. Minber mermerden olup geometrik geçmelerle süslüdür. Sade bir ahşaptan yapılmış olan vaaz kürsü bulunur. Camide iki sıra pencere bulunur. Alt sıradakiler dikdörtgen olup mermer sövelidir. Üst kattaki pencereler ise sivri kemerlidir. Caminin içi 180 metrekare olup yukarıdaki mahfillerle beraber 350 kişi ibadet yapabilmektedir. Cami 1743, 1938, 1982 yıllarında restore edilmiştir. Son cemaat yeri camla kapatılmıştır. Külliye bahçesinde Mehmet Ağa’nın türbesi bulunmaktadır. Yapı külliyenin Çarşamba’ya açılan kapısının yanındadır. Yapı kare planlı bir türbedir. Türbe yapısı çok yıpranmıştır. Yana yıkılmaması için geçici bir demir putreller konmuştur. Yapının sekizgen kasnağa oturan bir kubbesi bulunmaktadır. Yapı kesme taştan inşa edilmiştir. Cephenin ortasında giriş kapısı bulunmaktadır. Kapının iki yanında iki sivri kemer altında dikdörtgen iki pencere bulunur. Dikdörtgen pencere üstünde tahfif kemerleri bulunur. Üst katta sivri pencereler bulunmaktadır. Ortadaki pencereler kısa tutulmuştur. Türbenin kubbesi kurşunla kaplanmıştır.
