Fatma Hatun Camii; İstanbul Boğazı’nın Anadolu Yakasında Üsküdar Selamiali Caddesi üzerinde Selamet, Selamsız ve Çınar yokuşu olan bugünkü Selami Ali Efendi Caddesi ile Hatmi Sokağı'nın birleştiği yapı adasında inşa edilmiştir. Yapının inşa tarihi bilinmemektedir. Karşı köşesinde şimdi ev olarak kullanılan ve yakın tarihe kadar birçok hadiselere sahne olan meşhur Yeniçeri Kahvesi bulunur. Yapının tam karşısında caddeye ismini veren Şeyh Selami Ali Efendi Çeşmesi ve mescit sırasında cadde üzerinde hala kabri bulunan Feyzullah Efendi'nin Hindu Tekkesi vardı.
Hangi tarihte yapıldığı bilinmeyen cami daha sonradan yenilenmiştir. Şair Lebib Efendi'nin hazırladığı kitabeden de anlaşılacağı üzere 1762'te yeniden yaptırılmıştır. Fakat mabet 2 Ağustos 1887 tarihinde tekrar yanmıştır. Kapı üzerinde bulunan kitabesi kaybolur düşüncesi ile karşısındaki Selami Ali Efendi Çeşmesi üzerine konulmuştur ki, bugün de hala oradadır. Mirati İstanbul adlı eserin sahibi Mehmet Raif Bey, "mescidin kapısı üzerindeki tarih şudur" diyerek yukarıda yazılan kitabenin aynısını yazmıştır. Bundan da Raif Bey'in mescidi, yanması tehlikesinin bir süre önce görmüş olduğu anlaşılmaktadır. Eski Eserler'deki kayıt fişinde mabedin "Bağ Odaları Mescidi" ismiyle kaydedildiği görülmektedir. Kabataş'ta, Bağ Odaları Sokağı üzerinde Bağ Odaları ismiyle bilinen ve Fatma Hatun tarafından yaptırılmış bir camii daha vardır. İsim benzerliği yok sa, bu iki mescidin aynı kimse tarafından yaptırılmış olduğu söylenebilir.